秘密结社是在游戏后期才加入的壹个独特玩法，它让人物在正常进步文明的经过中有机会接触到四个隐藏在全球的神奇组织，这些组织各自拥有特殊的背景和能力，一旦人物选择加入其中壹个就能获取该组织提供的独特加成，从而走出一条和众不同的进步道路。要开始秘密结社功能需要确保自己已经拥有了迭起兴衰，或者是风云变幻这两个资料片中的任意壹个，由于这是玩这个玩法的基础条件。

在游戏中人物会通过完成一些特定的行动来触发和这些结社的相遇，不过要注意触发是概率性的并非百分之百成功，有时也许需要多次尝试。触发结社的方法主要有四种，如果人物清除了壹个蛮族的营地，那么有也许会收到血色契约的邀请，这一个和吸血鬼和永生力量有关的结社。要是人物在寻觅地图时偶然发现了壹个天然奇观，那么黄金黎明学会也许会给自己抛出橄榄枝，这个结社专注于天然奥秘和科学研究。当人物探访到壹个部落村庄时，有也许不是获取通常的奖励，取而代之的是接触到虚空吟唱者，这个结社和古老的神奇神灵和信念力量紧密相连。最后当人物第一次给壹个还没有自身使者的城邦派遣使者时，就有也许遇到弥涅耳瓦夜鹰，这个结社专注于政治影响力和贸易控制。

等自己一旦触发了某个结社了游戏就会立即赠送壹个总督点数，后续自己可以用这个点数来决定是加入该结社，还是用来更新原有的总督。这里有壹个特别重要的选择，那就是人物只能加入四个结社中的壹个，而且一旦做出选择那么在整个游戏经过中都无法更改，因此在做决定前需要仔细思考自己的战略需求。每个秘密结社都有自己特殊的更新途径而且都分有四个等级，一级能力在加入时就可以获取，二级能力要等到游戏进入中世纪后解开，三级能力在工业时代解开，而顶尖级的四级能力则要等到原子能时代才能运用。需要注意的是这些时代的判断是基于游戏进行的回合数，而不是人物在科技和文化树上的进展速度。

在这里第壹个血色契约就一个完全偏给军事征服的结社，自己在加入一级时首都立即会出现壹个特别特别的吸血鬼单位，它的基础战斗力等同于人物当前时代顶尖级兵种的战斗力，而且每当有单位在吸血鬼周围死亡时，那么这名单位都会永久吃到加1点的战力。即使吸血鬼在战斗中被击败它也不会真正死亡，而是会回到首都并以1点生活值复活，等到达二级后人物可以建造吸血鬼城堡，这种城堡不需要人口职业就能为首都提供巨额的地块产出加成。随着后续更新吸血鬼会获取恐吓相邻敌军的能力，掠夺时只需消耗1点移动力，最后甚至可以在全部吸血鬼城堡之间瞬移。