运河是连接水域或城市中心的决定因素工程设施，主要影响是打通地理阻隔，提高海军单位的战略机动性。建造运河需要先研究蒸汽动力科技，但秦始皇的领袖特性允许在解开砌砖科技后提前建造。运河只能修建在平原单元格上，丘陵地形无法建造。每条运河需满足三个条件，两端必须连接水域，或一端连接水域、另一端连接城市中心。建造途径的转给角度不能超过60度，例如若起点位于六边形格左下方，终点只能在其右上方或左上方。

运河的核心功能是允许海上单位穿梭陆地单元格，这一特性让海军能够快速往返于原本隔绝的海域之间，例如从大洋进入内陆湖泊修整，或实现北冰洋和印度洋的跨区域调动。在后期这种通道能显著缩短舰队航程，避免绕行大陆的漫长路线，对跨海作战或紧急防御至关重要。运河还能改善地形劣势，例如将孤立的湖泊转化为可用港口，间接提高城市进步潜力。运河本身不消耗单元格资源，但会占用建造队列时刻，需平衡和其他基建的优先级。

后期配合洪水屏障等科技，运河还能降低沿海洪灾风险，进一步巩固城市安全。实战中运河的价格随进程递增，初期因海军活动主题有限其影响也许不显著，但进入工业时代后，伴随战舰和航母的部署，运河成为控制全球航道的战略支点。要是文明被大陆分隔，运河可让本土舰队快速支援海外殖民地。运河单元格本身提供少量金币收益，但主要优势仍集中在军事和地形改造层面。